Średniowiecze i czasy protestanckie
Obecny kościół zbudowano w drugiej połowie XV wieku, w miejscu starszej świątyni wzmiankowanej już w dokumencie z 1286 roku. W tym roku biskup Herman von Gleichen przyznał prawo patronatu nad kościołem szczecińskiej kolegiacie Najświętszej Maryi Panny. W 1489 roku patronat przeszedł na zakon augustianów z Jasienicy i prawdopodobnie wtedy rozpoczęto budowę zachowanego do dziś kościoła.
Po 1534 roku patronat objęła szczecińska Fundacja Mariacka, a kościół stał się świątynią protestancką. W czasie wojny trzydziestoletniej został częściowo zniszczony. Odbudowę rozpoczęto w 1683 roku: odbudowano górną część wieży, dach i strop nad nawą, otynkowano elewacje, powiększono okna, a od południa dobudowano kruchtę o konstrukcji szkieletowej. Datę przebudowy umieszczono na belce stropu. Kościół podporządkowano wówczas parafii w Stołczynie.
Na początku XVIII wieku ufundowano ołtarz ambonowy. W latach 1751 i 1765 Johann Heinrich Schell ze Szczecina odlał dwa dzwony, ufundowane przez opiekunów kościoła. W drugiej połowie XIX wieku wymieniono odeskowanie górnej kondygnacji wieży i przemurowano blendy w szczycie wschodnim. W latach 30. XX wieku ponownie wymieniono odeskowanie wieży, wycinając w nim dodatkowe otwory, dobudowano zakrystię oraz kotłownię z kominem, a zakrystię połączono z nawą przejściem przy południowym narożniku.
Kościół katolicki w Skolwinie
Po II wojnie światowej kościół przekazano parafii rzymskokatolickiej i poświęcono 11 sierpnia 1946 roku. W 1957 roku ustanowiono parafię w Skolwinie.
W 1960 roku przeprowadzono remont: usunięto wypełnienie stropu, a więźbę obito płytami pilśniowymi, usunięto empory boczne, położono nowe posadzki, przeniesiono schody spod empory do kruchty, przebudowano ambonę i ołtarz główny oraz pomalowano wnętrze. W 1965 roku odsłonięto fundamenty, zasypano je gruzem i zalano betonem, wykonano nowe tynki na elewacjach, dachówkę zastąpiono blachą i splantowano teren cmentarza. W latach 1975–1977 na dawnym cmentarzu przykościelnym założono zieleniec, a w 1976 roku wykonano nowe konfesjonały i ławki.
W latach 1992–1993 skuto tynki z elewacji. Po 1993 roku rozebrano kruchtę przy elewacji południowej i w jej miejscu zbudowano zakrystię według projektu szczecińskiego architekta Juliusza Prandeckiego. Prace wykonała sposobem gospodarczym ekipa ze Skolwina. Zmieniono przy tym kształt okien (w projekcie były ostrołukowe) i nie wymurowano sterczyn przy szczycie. We wnętrzu skuto tynki na ścianie wschodniej i w kruchcie podwieżowej, odsłonięto portal prowadzący z nawy do dawnej kruchty oraz ościeża portalu w ścianie północnej i okien w obu ścianach podłużnych. W kruchcie podwieżowej założono nowy strop belkowy.
Ostatnie lata
W 2003 roku ufundowano tablicę pamięci pierwszego proboszcza parafii Chrystusa Króla w Skolwinie, ks. kanonika Henryka Świerkowskiego. W 2007 roku ufundowano tablicę z nazwiskami trzech kapłanów pochodzących z parafii, upamiętniającą jej pięćdziesięciolecie. Ufundowano także Drogę Krzyżową – dar Sybiraków, wykonaną przez ks. Marka Cześnina.
Wiosną 2008 roku zdemontowano hełm wieńczący latarnię wieży, ponieważ jego drewniana konstrukcja była w bardzo złym stanie. Zachowano jedynie żelazną sztycę z krzyżem. W 2010 roku odtworzono iglicę i wyremontowano drewnianą część wieży. Projekty remontu kościoła przygotowała Agnieszka Latour, a prace współfinansował Urząd Marszałkowski.
Remont wieży i dachu finansowało Miasto Szczecin. Trwa remont dachu i przywracanie pokrycia z dachówki.
Na podstawie: Karta ewidencyjna zabytków architektury i budownictwa, WUOZ Szczecin 2008.